வைகுண்ட ஏகாதசி மார்கழி மாதத்தில் நடைபெறும். பிரமோற்சவம் பங்குனி மற்றும் சித்திரை மாதத்தில் நடைபெறும். சித்திரைத் திருவிழா சித்திரை மாதத்தில் நடைபெறும். பவித்ரோத்ஸவம் ஆவணி மற்றும் புரட்டாசி மாதங்களில் நடைபெறும். ஆடிப் பூரம் ஆடி மாதத்தில் நடைபெறும். நவராத்திரி விழா புரட்டாசி மற்றும் ஐப்பசி மாதங்களில் நடைபெறும்.

வைகாசி மாதம் இக்கோயிலில் பெருவிழா கொண்டாடப்படுகிறது. அனுச நட்சத்திரத்தன்று தேரோட்டம் நடைபெறுகிறது. புரட்டாசி மாதம் பௌர்ணமியன்று இந்தக் கோயிலில் நடைபெறும் ஐந்து கருடசேவை மிகவும் புகழ்பெற்ற திருவிழா ஆகும்.

நித்திய அபிஷேகம் மற்றும் பூசை, நந்தவன புஷ்பங்கள், வாசனைத் திரவியங்கள், தீபங்கள், நைவேத்திய பிரசாதம் ஆகியவற்றைக் கொண்டு வழிபாட்டுச் சடங்குகள் நடைபெறுகிறது.

திருக்கோயிலின் அஷ்டாங்க விமானத்தின் அடிப்பகுதியில் (அதிட்டானத்தில்) வடபுறம், மேல்புறம் மற்றும் தென்புறத்திலும் கல்வெட்டுகள் அமைந்துள்ளன. இவை 16ஆம் நூற்றாண்டு நாயக்கர் காலத்தைச் சேர்ந்த, தமிழில் எழுதப்பட்ட கல்வெட்டுகளாகும். இக்கல்வெட்டுகள் இத்திருக்கோயிலுக்குத் தானமாக வழங்கப்பட்ட நிலங்களைப் பற்றியும், திருப்பணிகள் செய்த விவரங்களைப் பற்றியும் தெரிவிக்கின்றன. கோயில் விமானத்தின் அதிட்டானப் பகுதியில் வெட்டப்பட்டுள்ள கல்வெட்டுகள் விசயநகர மன்னர் சதாசிவராயர் (பொது ஆண்டு 1542-70) காலத்தைச் சேர்ந்தவை. இவர் காலத்தில் தென்மண்டல அதிபதியாக விளங்கிய இராமராசவிட்டல மகாதேவ ராயரின் கீழ் அதிகாரியாயிருந்த வசவணரின் மகன் திம்மப்பநாயக்கர், தனது தலைவர் இராமராசவிட்டலர்க்குப் புண்ணியமாக, கூடலழகர் கோயில் வழிபாட்டுச் செலவுகளுக்கு மதுரைப் பகுதியில் உள்ள சில ஊர்களைத் தானமளித்துள்ளார்.

பிரம்மாவின் மகனான சனத்குமாரன் திருமாலை மனித உருவத்தில் வழிபட வேண்டும் என்று ஆசை கொண்டான். எனவே அவன் இவ்விடத்தில் திருமாலை நோக்கித் தவம் இருந்தான். சனத்குமாரன் செய்த தவத்தைக் கண்டு மகிழ்ந்த திருமால், ஸ்ரீதேவி மற்றும் பூதேவியுடன் அவனுக்குக் காட்சி அளித்தார். அந்தக் கண் கொள்ளாக் காட்சியை அப்படியே வடிவமைக்க விரும்பிய சனத்குமாரன், தேவ சிற்பியான விஷ்வகர்மாவின் உதவியை நாடினார். விஸ்வகர்மாவும் இந்த அரிய காட்சியைச் சிற்பமாக வடித்து அஷ்டாங்க விமானத்தில் பிரதிஷ்டை செய்தார். அதுவே கூடலழகர் கோயில் என்று பெயர் பெற்றது. மதுரை மாநகருக்குக் கூடல் என்று ஒரு பெயர் உள்ளது. எனவே இத்தலத்தில் உள்ள திருமால் கூடலழகர் என்று அறியப்படுகிறார். இக்கோயில் கிருதயுகம், திரேதாயுகம், துவாபர யுகம், கலியுகம் என நான்கு யுகங்களிலும் சிறப்புற்று விளங்கியுள்ளதாகவும் இதனால் இக்கோயில் பெருமாளுக்கு 'யுகம் கண்ட பெருமாள்' என்ற பெயர் வழங்கப்பட்டதாகவும் சொல்லப்படுகிறது.

இத்திருக்கோயிலில் ஐந்து கலசத்துடன் கூடிய ஐந்தடுக்கு இராஜகோபுரமும் கல்லால் ஆன சிறப்புமிக்க அட்டாங்க விமானமும் உள்ளன.கோபுரத்தின் முதல் இரண்டு தளங்களில் இராமாயணச் சிற்பங்கள் காணப்படுகின்றன. மூன்றாம் மற்றும் நான்காம் தளங்களில் கிருஷ்ண லீலையின் சிற்பங்கள் அமைக்கப்பட்டுள்ளன. ஐந்தாம் தளத்தில் விஷ்ணுவின் அவதாரங்கள் காணப்படுகின்றன. ஒவ்வொரு தளத்தின் நுழைவாயிலின் இருபுறமும் துவாரப்பாலர்கள் காட்டப்பட்டுள்ளனர்.

இக்கோயிலில் கருவறை, அந்தராலம், அர்த்த மண்டபம், மகா மண்டபம், கல் தூண் மண்டபம், மற்றும் திருச்சுற்று மண்டபம் ஆகியவை காணப்படுகின்றன. விமானம் மூன்று நிலைகள் மற்றும் ஐந்து அடிப்படை அங்கங்களையும் சேர்த்து எட்டு அங்கங்கள் கொண்டுள்ளது. அதுமட்டுமின்றி எட்டுப் பிரகாரங்கள், ஆண்டாள், சக்கரத்தாழ்வார், நவக்கிரகங்கள், ஆழ்வார்கள், ஆச்சாரியர்கள், மணவாள மாமுனிகள், விச்வக்சேனர், ராமர், கிருஷ்ணர், இலட்சுமி நாராயணர், கருடன், ஆஞ்சநேயர், இலட்சுமி நரசிம்மர் ஆகியோரின் சந்நிதிகளும் இக்கோயிலில் உள்ளன. அஷ்டாங்க விமானத்தின் கீழ்தளத்தில் கூடலழகர் அமர்ந்த கோலத்திலும், இரண்டாவது தளத்தில் சூரிய நாராயணர் நின்ற கோலத்திலும் மூன்றாவது தளத்தில் பாற்கடல் நாதர் பள்ளிகொண்ட கோலத்திலும் காணப்படுகின்றனர். உற்சவராக வியூக சுந்தர்ராஜப் பெருமாள் உள்ளார்.

மதுரை நகரின் மையப்பகுதியில் வீற்றிருக்கும் அருள்மிகு கூடலழகர் திருக்கோயில் — 108 திவ்யதேசங்களில் 47ஆம் திவ்யதேசம்.அமர்ந்த, நின்ற, கிடந்த திருக்கோலங்களுடன் கூடிய அரிதான அஷ்டாங்க விமானம் கொண்ட இத்திருத்தலம், பாண்டிய நாட்டு பதினெட்டு திருப்பதிகளில் சிறப்பான இடத்தைப் பெற்றுள்ளது. சங்கத் தமிழின் தலைநகராக விளங்கிய மதுரை, திருமால் வழிபாட்டின் மையமாகவும் இருந்தது.பாண்டிய மன்னர்கள் திருமாலின் பக்தர்களாக இருந்து, பல கோயில்களை நிர்மாணித்தனர். அவற்றில் சிறந்தது கூடலழகர் திருக்கோயில். பரிபாடலில் குறிப்பிடப்படும் “இருந்தையூர்” என்பது மதுரையையும், “இருந்த வளமுடையார்” என்பது கூடலழகரையும் குறிக்கும் என்று அறியப்படுகிறது. 

பெரியாழ்வார், ஸ்ரீவல்லபதேவன் பாண்டியரின் ஆட்சிக் காலத்தில், “நாராயணனே பரம்பொருள்” என உறுதிப்படுத்திய வரலாற்று நிகழ்ச்சி கூடலழகர் திருக்கோயிலிலேயே நடந்ததாக அறியப்படுகிறது. பின்னர், இராமானுஜரும் மணவாள மாமுனிகளும் இத்தலத்தில் மங்களாசாசனம் செய்துள்ளனர்.

இக்கோயிலின் இப்போதைய கட்டுமானம் முற்றிலும் பொது ஆண்டு 15-16ஆம் நூற்றாண்டைச் சேர்ந்ததாக உள்ளது. இக்கோயில் விமானம் எட்டு உறுப்புகளைக் கொண்டது என்பதால் வடமொழியில் இதனை ’அஷ்டாங்க விமானம்’ எனக் கூறுவர். அதிட்டானம், பித்தி, பிரஸ்தரம், கிரீவம், சிகரம், ஸ்தூபி என்னும் இயல்பான ஆறு அங்கங்களுடன் இரண்டு மேல்தளங்களையும் சேர்த்து அட்டாங்க விமானம் அமையும். இவை பொதுவாகத் திருமால் கோயில்களில், திருமாலின் அமர்ந்த, நின்ற, கிடந்த கோலங்களைக் காட்டுவதற்காகவே அமைக்கப்படும். மணவாள மாமுனிகளின் திருவடித் தொண்டனான மாவலிவாணாதிராயன் ஒருவன் இக்கோயிலுக்கும், திருமாலிருஞ்சோலை, திருமோகூர் ஆகிய கோயில்களுக்கும் திருப்பணிகள் பல செய்துள்ளான்.

இக்கோயிலிலுள்ள இராமர், சீதை, இலக்குவன் ஆகிய செப்புத்திருமேனிகள் முற்காலப்பாண்டியர் காலத்தைச் சேர்ந்தவையாக (பொது ஆண்டு 10 ஆம் நூற்றாண்டு) இருப்பதைக் கொண்டும் இக்கோயில் தொன்மையானது என்பதை உறுதிப்படுத்தலாம்.

இக்கோயில் அந்நியர் படை எடுப்பின்போது அழிவுக்கு உட்பட்டிருக்கலாம். ஏனெனில் இன்று கோயிலின் பழைமையான கட்டுமானப் பகுதிகளைக் காண முடியவில்லை. இன்றைய கட்டுமானங்கள் பொது ஆண்டு 16ஆம் நூற்றாண்டில் தோன்றியவையே. இங்குள்ள கல்வெட்டுகளும் இதையே உறுதிப்படுத்துகின்றன. இக்கோயிலின் திருச்சுற்றுச் சுவரில் உள்ளும் புறமும் சுமார் ஐம்பதுக்கு மேற்பட்ட, துண்டுக் கல்வெட்டுகள் உள்ளன. இவை யாவும் பொது ஆண்டு 13ஆம் நூற்றாண்டைச் சேர்ந்தவை. சோழவந்தான், தேனூர் பகுதிகளில் சிதைந்து கிடந்த சிவன் கோயில் கற்களைக் கொண்டுவந்து இங்குக் சுட்டியுள்ளனர். இதில் பிற்காலப் பாண்டியர் மெய்க்கீர்த்திப் பகுதிகளும் சில அரசியல் அதிகாரிகளின் பெயர்களும் இடம்பெற்றுள்ளன.

பொது ஆண்டு 1740இல் ஆர்க்காட்டு நவாப் மற்றும் சந்தாசாகிப் ஆகியோரால் மதுரை கைப்பற்றப்பட்ட போது மீனாட்சி சுந்தரேஸ்வரரையும், கூடலழகரையும் வானரவீர மதுரை என்னும் மானாமதுரைக்கு பக்தர்கள் பாதுகாப்பாகக் கொண்டு சென்றனர். சேதுபதியின் பாதுகாப்புடன் இரண்டாண்டுகள் அங்கு வழிபாடு செய்யப்பட்டது. பின்னர் மராத்திய ஆளுநர் முராரிராவ், அப்பாச்சி நாயக்கர் தலைமையில் படை அனுப்பி சேதுபதியின் இசைவுடன் இறைவரை மதுரைக்குக் கொண்டு வந்து அமைத்துக் குடமுழுக்குச் செய்வித்தனர். இவ்வகையில் மீனாட்சி கோயிலுக்கு இணையான வரலாற்றுப் பெருமையும் இலக்கியச் சிறப்பும் கொண்ட கூடலழகர், பல ஏற்றத் தாழ்வுகளைச் சந்தித்த போதும் இன்றும் நிலைத்து நின்று அருள்பாலிக்கிறார்